易网彩票下载|天下彩票免费资枓大全

R10全球首发| Nanopore全球首批R10芯片到达百迈客实验室!

2019年7月22日,Nanopore平台全新测序芯片R10到达百迈客实验室,百迈客将开启ONT平台测序新征程!

近年来,由于三代测序相较于二代测序,拥有单分子无需扩增,长度长等绝对优势,因此在各组学?#33455;?#20013;大放异彩。而作为三代测序的代表技术之一,Nanopore平台因能获得更长读长,在基因组学?#33455;?#20013;更是备受青睐。但相较于二代平台,三代平台测序数据的准确性一直是比较大的劣势。本次Oxford Nanopore Technologies公司即将推出的R10芯片,则剑指准确性。相较于当前广泛使用的R9.4.1芯片,新型R10芯片可提供相当的读长,产量及更准确的数据。

R10芯片测序原理

新升级R10芯片最大的更新是纳米孔采用了双读取器(Reader)的设计,能够对同一碱基进行两次信号识别。理论上,同一碱基的识别次数为R9.4.1版本芯片2倍,由此来增加碱基的判断率,减小随机错误,并提高一致准确性。R10与R9.4.1测序方式比较如图1

图1??测芯片更新前后测序方式比较
R10数据准确性到底如何呢,目前的信息具体如下:

01、单reads测序准确性:

目前主流的R9.4.1芯片的表现能力如何?我们随机抽取了200个已经完成常规ONT DNA测序的样品(包含各种动植物)进?#22411;?#35745;,总共约22.4T数据(足够有代表性了),结果如下:

可以看到,R9.4.1芯片数据的读长是非常理想的:Reads N50最高达到72 Kb,平均达到35 Kb;最长单分子读长达到了1.6 Mb;而关于质量值平均为8.3,对应准确性为:85.21%;最高单个样品平均质量值达到9.7,对应准确性为:89.28%;

R10的质量表现如何呢?我们统计了拿到的四个样品的数据,具体统?#24179;?#26524;见下图:

图2 R10数据质量值分布

绝大部分R10 reads的质量值达到了10以上(对应准确性为90.0%),而平均质量值为12.1(对应准确性为93.8%),而最高reads质量值已经达到了15以上(对应准确性为96.84%)。由此可见,对于单条reads来说,提升还是非常明显的,平均reads准确性从85%提升到了93.8%。

02、Consensus序列准确:

看完单条reads准确性后,那么组装时用到的高深度consensus序列准确性怎么样呢?官方比较了同一样本不同芯片测结果的准确性,见图3。从结果可知,相同测序深度的情况下,consensus后序列的准确性Q值,R10比R9.4.1提升了5~10之间,对应的准确性最高提升了1个百分点。

图3?不同物种中R10和R9.4.1 reads准确度

从官方的数据显示,当数据深度为50X时,R10测序数据的consensus序列的准确性已经达到了Q44,即99.996%以上(图4)。且随着测序深度的增加,R10芯片一致准确性逐渐增加。官方对多物种测试发现,在100X的测序深度下,consensus准确性可以保持在Q45以上,在有些样本上甚至已达到Q50(99.999%)水平(图4),?#27604;?#21152;大测序深度也可以想要达到更高水平,测试结果中,最高已经达到了Q52(99.9994%)。需要注意的是,这都是未经过二代测序数据矫正的结果!

图4 ?不同测序深度下R10 consensus序列准确性比较
03、同聚物识别准确性:

同聚物的识别准确性是大家一直都比较关心的问题,从ONT官方释放的测试结果显示,相比于R9.4.1,R10版本芯片能够显著提高其在同聚物区域的碱基识别准确度,并且几乎不会引入缺失错误(图5)。

图5 R10、R9.4.1芯片在同聚物区域的测序准确度
04、数据错误分布:

官方通过检测同一样本R10和R9.4.1中的错误在基因组上的情况,发现R9.4.1与R10的错误在基因组上分布并不是完全重叠的,通过两种版本芯片的数据进行混合分析,可极大地提高序列的准确性(图6)。这表明了,在不使用二代数据的前提下,后续也可考虑通过R10和R9.4.1数据组合的方式来提高结果的准确度!

图6?R10和R9.4.1错误分布情况

小结

全新R10芯片在设计上采用了信号双识别的策略,与R9.4.1芯片相比,有效提升原始序列,同聚物区域及Consensus序列准确性。在不使用二代数据的情况下,结合R9.4.1及R10的数据,可获得更高的准确性!目前R10芯片全球还处于小试研发阶段,如果一切顺利,三季度即可大规模商用,敬请期待!

相关阅读:

最近文章
  • 第六届全国功能基因组学高峰论坛圆满落下帷幕
    第六届全国功能基因组学高峰论坛圆满落下帷幕
  • 易网彩票下载 板球比分看不懂 安徽快三今日推荐号 不开心的时候就拼命赚钱 久盈国际娱乐代理 欢乐农场游戏下载 十二生肖赚钱 时时彩平台一条龙 七乐彩胆拖金额对照表 财神棋牌大厅下载 168彩票官网ios登录